تعنى الجامعة الاسلامية في النجف الاشرف بشؤون طلبة الدراسات العليا في جامعتنا ومتابعتهم ابتداءً من التقديم مع جامعات عالمية و بأشراف مشترك والقبول ولغاية انتهاء الدراسة والتخرج. تشرف دائرة السيد مساعد رئيس جامعة الاسلامية ورئيس قسم العلاقات الثقافية للشؤون العلمية مباشرة على توفير مقاعد دراسية للطلبة في برنامج الماجستير و الدكتوراة ضمن اطار اتفاقية علمية موقعة بين الجامعة الاسلامية و الجامعات العالمية منها :
تهدف الجامعة الاسلامية في النجف الاشرف للارتقاء ببرامج الدراسات العليا في تشكيلات الجامعات خارج العراق وفق معايير التميز ووفق ضوابط وتعليمات الدراسات العليا بالشكل الذي ينعكس على مستوى الطالب ليكون بالكفاءة العلمية المطلوبة وقادراً على تحمل المسؤولية التي تنجم عن حصوله على الشهادة العليا خارج العراق .